I batteri sono organismi unicellulari onnipresenti, che appaiono singolarmente o in catene, e sono coinvolti nei processi che portano a malattie infettive.

La bocca ospita oltre 700 specie batteriche, allo stato libero o aggregate in biofilm. Un piccolo gruppo di 10-15 specie è stato identificato come come maggiormente importante per lo sviluppo delle malattie parodontali. La ricerca ha dimostrato che alcune forme cliniche di parodontite sono associate a diversi batteri parodontopatogeni.

I principali agenti patogeni parodontali appartengono alla specie dei Gram negativi, anaerobi facoltativi. I più comuni sono Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia Fusobacterium nucleatum, Actinobacillus, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Neisseria e Veillonella.